4月4日，莆田健康行业总会下发通知，要求莆田系医院全面停止与百度在竞价推广方面的合作。在表示不会因为“问题医院”的抱团抵制而放宽要求后，@百度推广官微再次代表百度发声，
声明意指总会的通知并不如坊间传言这么有效，莆田系医院并未暂停广告投放，甚至需要“威胁恐吓”这样的方式去推进停投事件。当天早些时候，微博账户@互联网产业观察 援引百度内部员工说法称，“其实停投比例还不到10%”。
而按总会4月6日的说法，“停止百度竞价的会员比例达98%以上。”百度推广声明发出后，莆田系迅速做出回应，没有对“内部分化”做出评论。仅表示百度将莆田系归为黑社会的行径“野蛮”，要“在国家机关的职能范围内展开长期谋划，抗战到底 ”。
早在2009年《长沙晚报》就在报道中，指出莆田系内部不和，相互之间竞争非常激烈。另一方面，目前的莆田系医院分化成了“像公立医院一样希望打造良好的口碑”的新莆田系和“把电线杆广告贴到百度上”的旧莆田系。对于前者来说，百度“加大整治并下线违规医院”，其实是能够帮自己清除掉市场上畸形竞争的对手。
莆田（中国）健康产业总会执行会长吴曦东在“与百度沟通的建议”中也提及要“设定门槛”，不能让所谓的医疗机构只要花钱都能够推广。
另一方面，对于百度来说，莆田系医院的广告的投放已经没有以前那么重要。此前，莆田市委书记梁建勇曾公开表示，“百度2013年的广告总量是260亿元，莆田的民营医院在百度上就做了120亿元的广告。”而据大摩估计，医疗相关广告主在百度2014年的总营收中约占15%至25%。而莆田系在其中约占三分之一到一半，也就是百度总营收的5%至12%。
而推广莆田医院的虚假广告带来的政策风险却在加大，百度医疗广告曾多次被“点名”，新修订的广告法将在今年上半年出台，严格规定了医疗广告经营者、广告发布者、广告代言员等的责任。因此百度也愿意借严打莆田系这件事，“洗白”医疗广告。
因此在百度和莆田系的这场“撕逼大战”中，百度没有想象中的那么“无力”，莆田系也不是传说中那么“摧枯拉朽”。最后的结局最可能是如大摩估计的那样，“此次抵制的持续时间不会超过几周，双方很快会达成协议。”
从创收的角度来讲，百度没有理由拒绝那些转型洗白后“莆田系”医院投放的广告收入。毕竟这次莆田系事件也会对百度二季度营收造成影响，根据大摩的报告，莆田系会对百度未来几个月的股价造成打压。
另一方面，莆田系医院主要从事的是整形美容、男科妇科等消费级医疗，对于他们来说，获取用户的渠道非常重要。而目前国内暂时还没有一个大的平台可以像百度这样迅速定位到有整形、看男科需求的人群。
因此，吴曦东在接受采访时也表达了希望与百度谈判的意向，希望百度 “不要暗标竞价，造成资源浪费；不要限价太高，造成恶性竞争；不要主导经营，造成显失公平”，“多重视客户的正当诉求，多进行公平、公开对话”。
据《第一财经日报》，4月5日下午，莆田系医院陆续收到总会通知，称三天内在北京或上海与莆田系代表谈判。但之后吴曦东和百度都否认了这个说法。
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